¿Tengo que pagar algo por el ITP para poder aplicar la deducción por alquiler de vivienda habitual en Madrid?

Depende del año. Si tu contrato es anterior a 2019 sí, y si es del 2019 o posterior no.

En cualquier caso nosotros te asesoramos, preparamos toda la documentación y te ponemos todas las facilidades para que el trámite quede hecho y puedas aplicar la deducción :)